Um conjunto de auditorias realizadas pela Inspecção-Geral de Finanças (IGF) entre 2013 e 2014 detectou transferências irregulares de mais de 140 milhões de euros para fundações, que representam mais de metade do montante global fiscalizado. De acordo com o relatório, há casos de pagamentos que foram feitos sem o visto prévio das Finanças, como manda a lei, ou de entidades que tiveram direito a verbas, mas não cumpriam os requisitos para ter acesso a apoios públicos.